По умолчанию все заявки в системе OTRS хранятся в БД, причем там же хранятся и вложения к заявкам, а это скриншоты, логи ошибок, програмки и т.д.
Когда заявок много, то база из-за этого может разростись на несколько Гб, что сказывается на скорости работы самого HelpDesk особенно когда строятся отчеты или производится поиск.
Для этого в самом OTRS предусмотрен вынос всех вложений и писем на файловую систему.
Прежде чем начинать перенос данных рекомендую сделать backup и проверить права на папку var/attachment и var вцелом. Владельцем должен быть пользователь otrs (согласно инструкции по установке)